Hoy en día, si se quiere desarrollar cualquier tipo de aplicación, es bastante probable que se necesitará de un depurador (debugger), para PHP tenemos Xdebug.
Asumiendo que ya tienes instalado (PHP, Apache, Netbeans y todo los prerrequisitos), vamos a partir instalando Xdebug:

sudo aptitude install php5-xdebug

Una vez instalado, nos dirigimos a su archivo de configuración:

sudo nano /etc/php5/conf.d/xdebug.ini

Agregamos las siguientes lineas al final del archivo:

xdebug.remote_enable=1
xdebug.remote_handler=dbgp
xdebug.remote_host=localhost
xdebug.remote_port=9000

Y listo =D!